Der EuGH entschied, dass Mitgliedstaaten durchaus den Zusatz von Stoffen zu Lebensmitteln verbieten könnten. Allerdings müsse vorher im Rahmen einer Risikobewertung festgestellt werden, dass der betreffende Stoff Risiken birgt und deshalb nicht unkontrolliert in Lebensmitteln verwendet werden soll. Bei dieser Bewertung müsse eine Gefahrenidentifizierung, Gefahrenbeschreibung, Expositionsabschätzung und Risikobeschreibung durchgeführt werden. Wenn es unmöglich ist, das behauptete Risiko mit Sicherheit festzustellen, weil die Ergebnisse der durchgeführten Studien unzureichend, nicht schlüssig oder ungenau sind, jedoch die Wahrscheinlichkeit eines tatsächlichen Schadens für die Gesundheit der Bevölkerung fortbesteht, so rechtfertige das Vorsorgeprinzip den Erlass beschränkender Maßnahmen, sofern sie objektiv und nicht diskriminierend sind. Jedoch dürfe sich die Risikobewertung nicht auf rein hypothetische Erwägungen stützen.
Auf den konkreten Fall bezogen meinten die EuGH-Richter, dass die Risikobewertung im Rahmen des Vorsorgeprinzips lediglich bestimmte Aminosäuren berühre. Das sei für ein pauschales Verbot sämtlicher Aminosäuren mit Erlaubnisvorbehalt unzureichend. So führte der EuGH aus: „Im vorliegenden Fall scheinen – in Anbetracht der von der deutschen Regierung in ihren schriftlichen Erklärungen gemachten Angaben und vorbehaltlich der vom vorlegenden Gericht vorzunehmenden notwendigen Prüfung – die Risikoanalyse und die Anwendung des sich daraus ergebenden Vorsorgeprinzips nur bestimmte Aminosäuren zu betreffen. Dies wäre zur Rechtfertigung eines unterschiedslos für alle Aminosäuren geltenden Verbots mit Erlaubnisvorbehalt, wie es das LFGB vorsieht, unzureichend“.
Was die nationalen Regelungen über befristete Ausnahmen betrifft, so sei diese ebenfalls unzulässig, wenn die Unbedenklichkeit eines Stoffes nachgewiesen ist.